Radio Slobodna Europa počeo je emitirati svoj program na današnji dan 1950. godine i to za područje Čehoslovačke iz sjedišta u Münchenu.

Vrlo brzo je emitirao program na 15 jezika – zemalja pod sovjetskim utjecajem. Stanica je financirana od strane Američkog Kongresa preko Centralne Obavještajne agencije – CIA. Taj podatak je držan u strogoj tajnosti sve do kraja 1960-ih zbog straha od sovjetske odmazde.

CIA je završila svoj angažman sa financiranjem i poslovanjem Radija Slobodna Europa 1971., pa je kontrola prebačena na Odbor za međunarodnu radiodifuziju (Board for International Broadcasting) kog imenuje predsjednik Sjedinjenih Američkih Država.

Radio Slobodna Europa se 1976. spojila sa sličnom radijskom organizacijom – Radio Sloboda (Radio Liberty), tako da se od tada zove Radio Slobodna Europa / Radio Sloboda (RFE / RL).

I pored toga što je formalno prestala upletenost Centralne Obavještajne agencije u poslovanje radija, Sovjetski Savez je nastavio sa pokušajima da ometa rad stanice sve do 1988.

Uredništvo redakcije za zemlje bivše Jugoslavije, koje još nisu ušle u zapadne asocijacije ima sjedište u Pragu i dopisništva u Beogradu, Sarajevu, Podgorici, Prištini i Skopju.