Radio Koper nastao je na današnji dan 24. svibnja 1949. godine kao Radio jugoslavenske zone Trsta – Radio Trst Zone Jugoslava, ali je redovito počeo emitirati dan kasnije.

Bio je u vlasništvu tvrtke DD Radiofonia SA, koju je utemeljila tadašnja jugoslavenska vojna uprava zone B bivšeg Slobodnog teritorija Trst. Nakon završetka WTO-a, pridružio se Radio Ljubljani 1954. godine pa je preimenovan u Radio Koper ili kasnije u Radio Koper – Capodistria.

Do 1954. emitirao je program na slovenskom, talijanskom i hrvatskom jeziku. Od 1954. do 1979. program je uglavnom bio na talijanskom, a dva kratka slovenska bloka bila su samo ujutro i navečer.

Godine 1979. program se razdvojio na slovensku i talijansku mrežu emitiranja. Godine 1980. počeo je s radom studio Nova Gorica, a 1992. godine program na slovenskom jeziku proširio se na vlastiti cjelodnevni program.

Radio Koper – Capodistria odigrao je iznimno važnu ulogu kao granična i manjinska radio postaja u povijesti ove regije u konvergenciji susjednih naroda, osobito tijekom hladnog rata.

Dugi niz godina bio je jedan od triju najslušanijih radio postaja u Italiji, a njegov je signal stigao čak do obale Afrike. Nakon osamostaljenja Slovenije, Radio Koper postao je organizacijska jedinica RTV Slovenija, koja je ukinula prijenosni sustav u Italiji i prebacila prekogranični program u manjinskiu i regionalni.